国家卫生健康委统计信息中心设11个内设机构，分别是：办公室、统计处、调查评价处、信息技术处、信息标准处、电子政务处、基层信息化与健康卡管理处、药物信息管理处、健康医疗大数据办公室、财务审计处、党委（纪委）办公室。
